
SRA
SRA 是由 NCBI 提供的全球最大的高通量测序原始数据存储库,为生物医学研究人员提供海量的 DNA 和 RNA 序列读取数据的获取与共享服务。
Ensembl 由欧洲生物信息研究所(EBI)与威康桑格研究所联合开发,致力于为研究人员提供最新、全面和高质量的基因组注释数据。最初以人类基因组为核心,Ensembl 现已覆盖数百种生物物种,包括人类、小鼠、斑马鱼、果蝇、线虫、家畜和多种植物模型等,非常适合跨物种的基因组比较和演化研究。
平台为每个物种提供了丰富的基因结构注释,包括外显子结构、非编码RNA、启动子、转录本变体、序列变异、调控元件等。同时,Ensembl 集成了蛋白质功能预测(例如结构域、信号肽、跨膜区域)、SNP 变异(包括 ClinVar 和 dbSNP 数据)、表达数据、遗传关联分析(如 GWAS)、转录调控信息以及系统发育关系等多维度数据,使其成为解析基因功能与变异影响的有力工具。
除了丰富的基因组浏览功能外,Ensembl 还提供一系列强大的生物信息学工具,如 BioMart(批量数据查询提取工具)、Variant Effect Predictor (VEP)(变异注释工具)、Compara(跨物种同源基因与系统发育分析)等。这些功能使 Ensembl 成为生物数据挖掘、个性化基因组注释和临床基因组学分析的核心平台之一,是科研人员和临床研究者不可或缺的数据基础设施。