
EMBL-EBI
EMBL-EBI(欧洲分子生物学实验室 - 欧洲生物信息学研究所)是全球领先的生命科学数据中心,提供丰富、免费且开放的生物信息学资源、数据库和工具,支持从基础研究到产业应用的整个生物科学社区。
GENCODE 项目由多个国际合作组织共同支持(包括 Ensembl、Havana、UCSC 等),其目标是为人类和小鼠基因组提供最权威、详尽和高精度的结构注释。GENCODE 不仅涵盖所有已知的蛋白编码基因,还包括非编码RNA、伪基因、转录变体等,是科研人员在进行功能基因组学、转录调控、癌症研究和系统生物学中不可替代的数据资源。
通过 GENCODE 网站,用户可以免费下载不同版本的注释文件(如 GTF、GFF3、FASTA 等),并可访问关于每个基因的详细手工注释信息,包括基因定位、基因结构、剪接型、多样性和实验证据支持等。GENCODE 的基因注释使用严格的质量控制流程和专家级人工审阅,与 Ensembl、RefSeq 等其他数据库保持协调,是许多主流基因组浏览器(如 Ensembl Genome Browser 和 UCSC Genome Browser)的基础数据来源。
此外,GENCODE 也广泛应用于大型科研项目,如人类基因组计划(HGP)、ENCODE(基因组元素百科全书计划)和GTEx(人类组织表达项目)。无论是基础科研、临床基因解释,还是生物信息学数据分析,GENCODE 都为研究者提供了坚实可靠的数据支撑,是精准基因功能研究的金标准。